
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">When the VEP installer script is not in the working directory, e.g.,<div><br></div><div><span style="color: rgb(83, 48, 225); font-family: Monaco; font-size: 10px;">compute-4-55:~$ </span>perl ~/downloads/variant_effect_predictor/INSTALL.pl --DESTDIR ~/VEP</div><div><div><br></div><div>I get this error:</div><div><br></div><div>Testing VEP script<br>ERROR: Testing VEP script failed with the following error<br>Can't open perl script "variant_effect_predictor.pl": No such file or directory</div><div><br></div><div><div>Maybe something like</div><div><br></div><div>use File::Basename;</div><div>my $dirname = dirname(__FILE__);</div><div><div>my $test_vep = `perl $dirname/variant_effect_predictor.pl --help 2>&1`;</div></div><div><br></div><div><br></div><div>Also, I got this, even with --AUTO</div><div><br></div><div>The VEP requires the ensembl, ensembl-variation and optionally ensembl-functgenomics modules<br><br>Skip to the next step (n) to install cache files<br><br>Do you want to continue installing the API (y/n)? y</div><div><br></div><div>It would be nice to have complete walk-home-and-ignore for AUTO.<br><br></div><div apple-content-edited="true">

<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-size: 12px; border-spacing: 0px;"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; border-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; border-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'Lucida Grande'; font-size: 10px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; border-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="'Devanagari MT'" size="7"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 27px;"><font class="Apple-style-span" face="'Lucida Grande'" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px;"><br class="Apple-interchange-newline"></span></font><font class="Apple-style-span" size="5"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 18px;">ॐ</span></font></span></font></p></span><p></p><p style="margin: 0px 0px 6px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 16px; line-height: normal; font-family: Helvetica;"><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'Lucida Grande'; font-size: 10px;">Michael Yourshaw, PhD</span></p><div style="margin: 0px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-family: 'Lucida Grande';"><span style="letter-spacing: 0px;">UCLA Geffen School of Medicine</span></div><div style="margin: 0px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-family: 'Lucida Grande';"><span style="letter-spacing: 0px;">Department of Human Genetics, Nelson Lab</span></div><div style="margin: 0px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-family: 'Lucida Grande';"><span style="letter-spacing: 0px;">695 Charles E Young Drive S</span></div><div style="margin: 0px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-family: 'Lucida Grande';"><span style="letter-spacing: 0px;">Gonda 5554</span></div><p style="margin: 0px 0px 3px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-family: 'Lucida Grande';"><span style="letter-spacing: 0px;">Los Angeles CA 90095-8348 USA</span></p><p style="margin: 0px 0px 3px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-family: 'Lucida Grande'; color: rgb(0, 0, 153);"><span style="text-decoration: underline; letter-spacing: 0px;"><a href="mailto:myourshaw@ucla.edu">myourshaw@ucla.edu</a></span></p><p style="margin: 0px 0px 6px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10px; line-height: normal; font-family: 'Lucida Grande';"><span style="letter-spacing: 0px;">970.691.8299</span></p><p style="margin: 0px 0px 6px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 9px; line-height: normal; font-family: 'Lucida Grande';"><span style="letter-spacing: 0px;">This message is intended only for the use of the addressee and may contain information that is PRIVILEGED and CONFIDENTIAL, and/or may contain ATTORNEY WORK PRODUCT. If you are not the intended recipient, you are hereby notified that any dissemination of this communication is strictly prohibited. If you have received this communication in error, please erase all copies of the message and its attachments and notify us immediately. Thank you.</span></p><div><font class="Apple-style-span" size="1"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;"><br></span></font></div></span><br class="Apple-interchange-newline"><br class="Apple-interchange-newline"></span></div></span>

</div>

<br></div></div></body></html>