<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>There's no need to convert your data - the VEP will process the file no problem.</div><div><br></div><div>The issue arises if you use the default VEP output format for those lines that don't have an identifier in the 3rd column of the VCF, where you may have trouble aligning the results with the input data - the VEP will still run OK though!</div>
<div><br></div><div>You can get around the issue by either adding in a made-up identifier to the 3rd column of your VCF (something like CHR_POS_ALT is always good), OR you can simply have VEP write VCF output, where the output consists of the input VCF with a "CSQ" field added to the INFO column of the VCF - see <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/vep_formats.html#vcfout">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/vep_formats.html#vcfout</a></div>
<div><br></div><div>Hope that helps</div><div><br></div><div>Will McLaren<br>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 13 January 2014 10:31, Genomeo Dev <span dir="ltr"><<a href="mailto:genomeodev@gmail.com" target="_blank">genomeodev@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>The following documentation shows that ensembl use a customised VCF format at least for VEP which is different to the original VCF used by 1000 genomes:<br>
</div><div><br></div><div><a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/vep_formats.html" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/vep_formats.html</a><br>
</div><div><br></div><div>This difference seems to affect only balanced variations.</div><div><br></div><div>I am working with data straight from 1000 genomes which I want to process with VEP. Many of them don't have assigned dbSNP IDs so can't run VEP with ID as input. Would it be possible for Ensembl to share their script for converting the original VCFs to their customised VCF?</div>

<div><br></div><div>P.S. Using VM 74 and VEP 74.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>G.</div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>