
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">I see that the perl API GeneAdaptor in version 74 fetch_nearest_Gene_by_Feature has been deprecated.<div><br></div><div>Is there a recommended alternative for this function? I’m particularly interested in whether there is anything that will work reliably with the base_variation_feature of an IntergenicVariationAllele, StructuralVariationOverlapAllele, RegulatoryFeatureVariationAllele, and MotifFeatureVariationAllele.</div><div><br></div><div><div><div apple-content-edited="true"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; orphans: 2; text-indent: 0px; widows: 2; border-spacing: 0px;"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; orphans: 2; text-indent: 0px; widows: 2; border-spacing: 0px;"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; orphans: 2; text-indent: 0px; widows: 2; border-spacing: 0px;"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; orphans: 2; text-indent: 0px; widows: 2; border-spacing: 0px;"><p class="MsoNormal" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'Lucida Grande'; font-size: 10px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><font class="Apple-style-span" face="'Devanagari MT'" size="7"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 27px;"><font class="Apple-style-span" face="'Lucida Grande'" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px;"><br></span></font></span></font></p><p class="MsoNormal" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'Lucida Grande'; font-size: 10px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><font class="Apple-style-span" face="'Devanagari MT'" size="7"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 27px;"><font class="Apple-style-span" face="'Lucida Grande'" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px;"><br class="Apple-interchange-newline"></span></font><font class="Apple-style-span" size="5"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 18px;">ॐ</span></font></span></font></p></span><p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-stroke-width: 0px;"></p><p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 16px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-stroke-width: 0px; margin: 0px 0px 6px;"><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'Lucida Grande'; font-size: 10px;">Michael Yourshaw, PhD</span></p><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'Lucida Grande'; font-size: 10px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-stroke-width: 0px; margin: 0px;"><span style="letter-spacing: 0px;">UCLA Geffen School of Medicine</span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'Lucida Grande'; font-size: 10px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-stroke-width: 0px; margin: 0px;"><span style="letter-spacing: 0px;">Department of Human Genetics, Nelson Lab</span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'Lucida Grande'; font-size: 10px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-stroke-width: 0px; margin: 0px;"><span style="letter-spacing: 0px;">695 Charles E Young Drive S</span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'Lucida Grande'; font-size: 10px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-stroke-width: 0px; margin: 0px;"><span style="letter-spacing: 0px;">Gonda 5554</span></div><p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'Lucida Grande'; font-size: 10px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-stroke-width: 0px; margin: 0px 0px 3px;"><span style="letter-spacing: 0px;">Los Angeles CA 90095-8348 USA</span></p><p style="color: rgb(0, 0, 153); font-family: 'Lucida Grande'; font-size: 10px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-stroke-width: 0px; margin: 0px 0px 3px;"><span style="text-decoration: underline; letter-spacing: 0px;"><a href="mailto:myourshaw@ucla.edu">myourshaw@ucla.edu</a></span></p><p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'Lucida Grande'; font-size: 10px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-stroke-width: 0px; margin: 0px 0px 6px;"><span style="letter-spacing: 0px;">970.691.8299</span></p><p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'Lucida Grande'; font-size: 9px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-stroke-width: 0px; margin: 0px 0px 6px;"><span style="letter-spacing: 0px;">This message is intended only for the use of the addressee and may contain information that is PRIVILEGED and CONFIDENTIAL, and/or may contain ATTORNEY WORK PRODUCT. If you are not the intended recipient, you are hereby notified that any dissemination of this communication is strictly prohibited. If you have received this communication in error, please erase all copies of the message and its attachments and notify us immediately. Thank you.</span></p><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><font class="Apple-style-span" size="1"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;"><br></span></font></div></span><br class="Apple-interchange-newline"><br class="Apple-interchange-newline"></span></div></span>

</div>

<br></div></div></body></html>