<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><div>Hi Fiona, </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr"><div></div><div>We do have GTF files for our gene annotations. You can see a table of all our download files here:</div><div><a href="http://www.ensembl.org/info/data/ftp/index.html" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/data/ftp/index.html</a></div>
</div></blockquote><div><br></div><div>Thanks for getting back to me. I've previously downloaded the GTF file under "Gene sets" but it seems that it contained coordinates of genes, exons and CDS but not other functional features such as domains, secondary structure predictions etc..  Is this the file you're referring to?</div>
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>What are your features? If they are variation data you could use our variant effect predictor (VEP) <a href="http://www.ensembl.org/VEP" target="_blank">http://www.ensembl.org/VEP</a>.</div>
</div></blockquote><div><br></div><div>They're sitewise predictions of evolutionary constraint, very similar to those from <a href="http://www.nature.com/nature/journal/v478/n7370/abs/nature10530.html">http://www.nature.com/nature/journal/v478/n7370/abs/nature10530.html</a>.</div>
<div><br></div><div>Best,</div><div>Greg</div></div></div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">Greg Slodkowicz<br>PhD student, Nick Goldman group<br>European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)<br></div></div>