<div dir="ltr">Hi Greg,<div><br></div><div>We do have GTF files for our gene annotations. You can see a table of all our download files here:</div><div><a href="http://www.ensembl.org/info/data/ftp/index.html">http://www.ensembl.org/info/data/ftp/index.html</a><br>
</div><div><br></div><div>What are your features? If they are variation data you could use our variant effect predictor (VEP) <a href="http://www.ensembl.org/VEP">http://www.ensembl.org/VEP</a>.</div><div><br></div><div>Best wishes,</div>
<div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div>Fiona<br><br>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>Fiona Cunningham, Ensembl Coordinator, Ensembl Variation Project Leader.<br>
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)<br>European Molecular Biology Laboratory<br>Wellcome Trust Genome Campus<br>Hinxton,  CB10 1SD, UK<br><a href="http://www.ensembl.org" target="_blank">www.ensembl.org</a> || <a href="http://www.lrg-sequence.org" target="_blank">www.lrg-sequence.org</a> || t: +44 1223 494612</div>

<br><br><div class="gmail_quote">On 17 January 2014 11:50, Greg Slodkowicz <span dir="ltr"><<a href="mailto:gregs@ebi.ac.uk" target="_blank">gregs@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">Hi Ensembl-dev<div>I would like to correlate some features I calculated with existing annotation such as secondary structure and presence of domains.  I was wondering if there's a way to download the annotation from Ensembl as genome browser tracks or GTF files?  I poked around the FTP a little bit but could only find the MySQL dumps.  Is this the only way to go?</div>

<div><br></div><div>Best,</div><div>Greg</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">Greg Slodkowicz<br>PhD student, Nick Goldman group<br>European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)<br>
</div></font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>