<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>The default cutoff is 5000 bases.</div><div><br></div><div>There is no parameter in the VEP itself, but there is a plugin available that can be used to change the parameter.</div><div>
<br></div><div><a href="https://github.com/ensembl-variation/VEP_plugins/blob/master/UpDownDistance.pm">https://github.com/ensembl-variation/VEP_plugins/blob/master/UpDownDistance.pm</a><br></div><div><br></div><div><a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_plugins.html">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_plugins.html</a><br>
</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 4 February 2014 17:48, Genomeo Dev <span dir="ltr"><<a href="mailto:genomeodev@gmail.com" target="_blank">genomeodev@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>Using VEP in Ensembl VM v74</div><div><br></div><div>1. I was wondering what distance cutoff does VEP use to assign neighbouring genes to input variants.</div>
<div>2. Is there a parameter to handle that?</div>
<div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Genomeo</div><div><br></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>