<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I think that this behaviour is a feature of Condel itself - there's no flag you can set on the plugin to deal with these cases.</div><div><br></div><div>You could try editing the plugin yourself - there's an if() clause in the run method that you'd need to edit, and you'd also need to change the logic in the compute_condel() subroutine. I think there are some dangers here though as PolyPhen's score for an unknown prediction is 0.</div>
<div><br></div><div>In my opinion you'd be safer just having the VEP report SIFT, PolyPhen and Condel and taking into account all three.</div><div><br></div><div>Hope that helps</div><div><br></div><div>Will McLaren</div>
<div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 6 February 2014 17:35, Genomeo Dev <span dir="ltr"><<a href="mailto:genomeodev@gmail.com" target="_blank">genomeodev@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Using Condel plugin in VEP in Ensembl VM74<div><br></div><div>Hi,</div><div><br></div><div>Condel seems not predict if either Polyphen or SIFT predictions are not calculated or if Polyphen prediciton is returned as unknown(0).</div>

<div><br></div><div>Is there a way to alter this behaviour to allow Condel to make a prediction even using one method? For example there are cases where there is severe impact predicted by SIFT, while Polyphen predicts it as unknown. Condel shows no prediction for that.</div>

<div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>G.</div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>