<div dir="ltr">Hi Nathan,<div><br></div><div>That is very interesting. How far are you with this method? Does it have a name yet? For linking Genes to RegulatoryFeatures, what data this method is based on?</div><div><br></div>
<div>G.</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 17 February 2014 13:08, njohnson <span dir="ltr"><<a href="mailto:njohnson@ebi.ac.uk" target="_blank">njohnson@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Incidentally, our core software team is currently working on a method to associate any feature with a nearest gene.  In future this is likely to be used as part of a strategy to make Gene-RegulatoryFeature links.<br>

<br>
Nathan Johnson<br>
<br>
Ensembl Regulation<br>
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)<br>
European Molecular Biology Laboratory<br>
Wellcome Trust Genome Campus<br>
Hinxton<br>
Cambridge CB10 1SD<br>
United Kingdom<br>
<br>
<a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<a href="http://twitter.com/#!/ensembl" target="_blank">http://twitter.com/#!/ensembl</a><br>
<a href="https://www.facebook.com/Ensembl.org" target="_blank">https://www.facebook.com/Ensembl.org</a><br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On 17 Feb 2014, at 12:36, Will McLaren <<a href="mailto:wm2@ebi.ac.uk">wm2@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br>
<br>
> Yes, your assumption is correct - currently we do not carry any data linking regulatory features to specific genes, for exactly the reasons you state.<br>
><br>
> Will<br>
><br>
><br>
> On 17 February 2014 12:31, Genomeo Dev <<a href="mailto:genomeodev@gmail.com">genomeodev@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Thanks.<br>
><br>
> With regard to --regulatory option, Having run VEP with 1000G variants using this option I found that, in the output, whenever a variant is predicted to have a Feature type: RegulatoryFeature or MotifFeature, there is no entry in the GENE or SYMBOL columns and also unlike for variants with Feature type Transcript, CELL_TYPE is populated.<br>

><br>
> Is this a reflection of the fact that current data in the Ensembl regulatory build are (1) cell-type specific (2) genome-wide profiling experiments which don't associate regulatory regions to the actual genes whose expression is being regulated?<br>

><br>
> Thanks,<br>
><br>
> G.<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> On 17 February 2014 10:18, Will McLaren <<a href="mailto:wm2@ebi.ac.uk">wm2@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br>
> Hello,<br>
><br>
> The VEP looks at +/- 5KB either side of each transcript's start and end coordinates; these coordinates are inclusive of any UTR regions. A gene is defined by the furthest-reaching 5' and 3' coordinates of the transcripts in that gene. You might find the diagram on this page useful:<br>

><br>
> <a href="http://www.ensembl.org/info/genome/variation/predicted_data.html#consequences" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/genome/variation/predicted_data.html#consequences</a><br>
><br>
> The VEP separately annotates regulatory regions (in human and mouse at least) as determined by the Ensembl regulatory build; to enable this just add --regulatory to your VEP command.<br>
><br>
> <a href="http://www.ensembl.org/info/genome/funcgen/regulatory_build.html" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/genome/funcgen/regulatory_build.html</a><br>
><br>
> <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_options.html#opt_regulatory" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_options.html#opt_regulatory</a><br>
><br>
> Regards<br>
><br>
> Will McLaren<br>
> Ensembl Variation<br>
><br>
><br>
> On 17 February 2014 10:04, Genomeo Dev <<a href="mailto:genomeodev@gmail.com">genomeodev@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hi,<br>
><br>
> Thanks for the response. For a given variant, I assume VEP looks at the interval [-5KB, +5KB] and assigns as neighbours any genes which overlap with that region. How are genes defined in this case? Does VEP look only for overlapping TSS or the entire TSS<->TES region?<br>

><br>
> How about variants which are documented in the literature to occur in enhancers which are say 1 MB from the target gene? Do these get taken into account on top of the 5KB rule?<br>
><br>
> Thanks,<br>
><br>
> G.<br>
><br>
><br>
><br>
> On 5 February 2014 09:52, Genomeo Dev <<a href="mailto:genomeodev@gmail.com">genomeodev@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Thanks very much.<br>
><br>
> G.<br>
><br>
><br>
> On 4 February 2014 22:02, Will McLaren <<a href="mailto:wm2@ebi.ac.uk">wm2@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br>
> Hello,<br>
><br>
> The default cutoff is 5000 bases.<br>
><br>
> There is no parameter in the VEP itself, but there is a plugin available that can be used to change the parameter.<br>
><br>
> <a href="https://github.com/ensembl-variation/VEP_plugins/blob/master/UpDownDistance.pm" target="_blank">https://github.com/ensembl-variation/VEP_plugins/blob/master/UpDownDistance.pm</a><br>
><br>
> <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_plugins.html" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_plugins.html</a><br>
><br>
> Regards<br>
><br>
> Will McLaren<br>
> Ensembl Variation<br>
><br>
><br>
> On 4 February 2014 17:48, Genomeo Dev <<a href="mailto:genomeodev@gmail.com">genomeodev@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hi,<br>
><br>
> Using VEP in Ensembl VM v74<br>
><br>
> 1. I was wondering what distance cutoff does VEP use to assign neighbouring genes to input variants.<br>
> 2. Is there a parameter to handle that?<br>
><br>
> Thanks,<br>
><br>
> Genomeo<br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div>