<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I have a set of ~ 6000 Ensembl IDs which I want to map to HGNC IDs. I am faced with the following situation:</div><div><br></div><div>Based on Ensembl Biomart or Ensembl Rest, there are ~ 4000 of these that have HGNC IDs.</div>
<div><br></div><div>Based on HGNC biomart, there are ~ 3000 which have HGNC IDs. HGNC DB mention that themselves use mapping supplied by Ensembl.</div><div><br></div><div>The IDs mapped from each of these sources are not always the same.</div>
<div><br></div><div>Questions:</div><div><br></div><div>- What is causing the different level of coverage?</div><div>- What is causing the differences in specific mapping if all of it is done by Esembl?</div><div>- How often does this mapping change at any of these sources?</div>
<div>- How do other sources like NCBI assign Ensembl IDs to their Entrez IDs?</div><div>- What is the best way of getting HGNC IDs for Ensembl IDs? from Ensembl or HGNC DB?</div><div><br></div><div>Thanks!<br clear="all">
<div><br></div>-- <br><div dir="ltr">G.</div>
</div></div>