<div dir="ltr"><div><div>Dear All,<br><br></div>I want to fetch coordinates of repeat elements identified by the repeat masker program in multiple species (BED format). I am using the following code to get the desirable results<br>
<br><i>my $slice = $slice_adaptor->fetch_by_region( $csn, $srn ); </i>#csn AND srn ARE PREDEFINED BY ME <i><br>my @repeats = @{ $slice->get_all_RepeatFeatures() };<br>foreach my $repeat (@repeats) {<br>    my $id = $repeat->display_id();<br>
    my $start = $repeat->start();<br>    my $end = $repeat->end();<br>    my $strand = $repeat->strand();<br>    my $score = $repeat->score();<br>    my $name = $csn.$srn;<br>    my $analysis = $repeat->analysis();<br>
    my $program = $analysis->program();<br>    next unless $program eq "RepeatMasker";<br>    print "$name\t$start\t$end\t$id\t$score\t$strand\n";<br>}</i><br><br></div><div>My code is fetching me results for human, mouse, zebrafish, cavefish but for <i>Tetraodon</i>, the $analysis->program() scalar remains undefined. Hence I am unable to extract the RepeatMasker predictions on the <i>Tetraodon </i>genome. Can someone please help.<br>
<br></div><div>-Regards<br><br>Swaraj Basu<br></div>
</div>