<div dir="ltr">Thanks for the useful information.<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 20, 2014 at 5:13 PM, mag <span dir="ltr"><<a href="mailto:mr6@ebi.ac.uk" target="_blank">mr6@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Swaraj,<br>
    <br>
    Unfortunately, the 'software' column for tetraodon is not populated.<br>
    <br>
    If you want a more reliable way of finding repeats from
    repeatmasker, I would recommend using the analysis logic name
    ($analysis->logic_name)<br>
    That field is compulsory and any repeat mask based analysis will be
    named 'repeatmask%'<br>
    <br>
    <br>
    Hope that helps,<br>
    Magali<div><div class="h5"><br>
    <br>
    <div>On 20/02/2014 15:53, swaraj basu wrote:<br>
    </div>
    </div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">
      <div dir="ltr">
        <div>
          <div>Dear All,<br>
            <br>
          </div>
          I want to fetch coordinates of repeat elements identified by
          the repeat masker program in multiple species (BED format). I
          am using the following code to get the desirable results<br>
          <br>
          <i>my $slice = $slice_adaptor->fetch_by_region( $csn, $srn
            ); </i>#csn AND srn ARE PREDEFINED BY ME <i><br>
            my @repeats = @{ $slice->get_all_RepeatFeatures() };<br>
            foreach my $repeat (@repeats) {<br>
                my $id = $repeat->display_id();<br>
                my $start = $repeat->start();<br>
                my $end = $repeat->end();<br>
                my $strand = $repeat->strand();<br>
                my $score = $repeat->score();<br>
                my $name = $csn.$srn;<br>
                my $analysis = $repeat->analysis();<br>
                my $program = $analysis->program();<br>
                next unless $program eq "RepeatMasker";<br>
                print "$name\t$start\t$end\t$id\t$score\t$strand\n";<br>
            }</i><br>
          <br>
        </div>
        <div>My code is fetching me results for human, mouse, zebrafish,
          cavefish but for <i>Tetraodon</i>, the
          $analysis->program() scalar remains undefined. Hence I am
          unable to extract the RepeatMasker predictions on the <i>Tetraodon
          </i>genome. Can someone please help.<br>
          <br>
        </div>
        <div>-Regards<br>
          <br>
          Swaraj Basu<br>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
      </div></div><pre>_______________________________________________
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Swaraj Basu<br>PhD Student (Bioinformatics - Functional Genomics)<br>Animal Physiology and Evolution<br>Stazione Zoologica Anton Dohrn<br>Naples<br>
</div>