<div dir="ltr"><div><p class="MsoNormal">Dear Developers…</p>

<p class="MsoNormal"> </p>

<p class="MsoNormal">I was wondering if anyone of you could help me with an
problem I am having comparing REFSEQ with ENSEMBL transcripts…</p>

<p class="MsoNormal">I had assumed that the gene start and end coordinates in
ensembl were obtained from the longest transcript model for each gene. However
this does not seem to be the case when comparing as list of around 300 genes I
have queried</p>

<p class="MsoNormal"> </p>

<pre style="background-color:rgb(249,249,247)"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">Take a look at the example for transcript NM_001101426. In refseq this transcript has the coordinates: chr7:16127152-16460947. However if you search for it in Ensembl you get the transcript ENST00000407010 with the coordinates : chr<a href="http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Location/View?r=7:16130817-16460947:-1"><span style="color:windowtext;text-decoration:none">7:16130817-16460947</span></a></span></pre>

<pre style="background-color:rgb(249,249,247)"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"> </span></pre><pre style="background-color:rgb(249,249,247)"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">If we assume that ensembl would use the longest running transcript to determine the start and end coordinates then the ISPD gene should start at 16127152 and not at 16130817. There is a difference of almost 4KB. I understand the gene models are different and I would expect small differences between the two… but not a 4KB diference. Can you explain the discrepancy?</span><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:11pt"> </span></pre>

<pre style="background-color:rgb(249,249,247)"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">Best regards</span></pre><pre style="background-color:rgb(249,249,247)"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">Duarte</span><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"></span></pre>

</div><div><br></div><div><font style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#999999">=========================<br>     Duarte Miguel Paulo Molha      <br></font><div><font style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#999999">         <a href="http://about.me/duarte" target="_blank">http://about.me/duarte</a>         <br>

=========================</font></div></div>
</div>