<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I was using <a href="http://useastdb.ensembl.org">useastdb.ensembl.org</a>. <a href="http://ensembldb.ensembl.org">ensembldb.ensembl.org</a> works but is heavily slow at the moment.</div>
<div><br></div><div>Thanks</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 28 February 2014 12:04, Kieron Taylor <span dir="ltr"><<a href="mailto:ktaylor@ebi.ac.uk" target="_blank">ktaylor@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
This error is commonly caused by absent databases. If you're not using <a href="http://ensembldb.ensembl.org" target="_blank">ensembldb.ensembl.org</a>, then you may not have release 75 databases available for Human and others on your server of choice.<br>

<br>
Our master copy of the VM checks out ok. Please investigate your configuration, to see whether you need to aim for a server that contains release 75.<br>
<br>
<br>
Regards,<br>
<br>
Kieron Taylor<br>
<br>
Ensembl Core<div class=""><br>
<br>
On 28/02/2014 10:26, Genomeo Dev wrote:<br>
</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="">
Hi,<br>
<br>
I just loaded the new release VM 75.<br>
<br>
~/verify-installation worked fine.<br>
<br>
But:<br>
<br>
use Bio::EnsEMBL::Registry;<br>
my $registry = 'Bio::EnsEMBL::Registry';<br>
my $gene_adaptor  = $registry->get_adaptor( 'Human', 'Core', 'Gene' );<br>
<br>
gives me this error:<br>
<br>
-------------------- WARNING ----------------------<br>
MSG: Human is not a valid species name (check DB and API version)<br>
FILE: Bio/EnsEMBL/Registry.pm LINE: 1198<br>
CALLED BY: Bio/EnsEMBL/Registry.pm  LINE: 983<br>
Date (localtime)    = Fri Feb 28 10:20:41 2014<br>
Ensembl API version = 75<br>
------------------------------<u></u>---------------------<br>
<br>
-------------------- EXCEPTION --------------------<br>
MSG: Can not find internal name for species 'Human'<br>
STACK Bio::EnsEMBL::Registry::get_<u></u>adaptor<br>
/home/ensembl/ensembl-api-<u></u>folder/ensembl/modules/Bio/<u></u>EnsEMBL/Registry.pm:985<br>
STACK toplevel ./<a href="http://fetch_ensembl_genes_v3b.pl:71" target="_blank">fetch_ensembl_genes_v3b.pl:<u></u>71</a><br></div>
<<a href="http://fetch_ensembl_genes_v3b.pl:71" target="_blank">http://fetch_ensembl_genes_<u></u>v3b.pl:71</a>><div class=""><br>
Date (localtime)    = Fri Feb 28 10:20:41 2014<br>
Ensembl API version = 75<br>
------------------------------<u></u>---------------------<br>
<br>
Any suggestions please?<br>
<br>
--<br>
G.<br>
</div></blockquote>
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<u></u>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">G.</div>
</div>