<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div dir="ltr"><div>Hi All,</div><div><br></div><div>  I just wanted to also point out another standard gff parsing tool isn't able to work with your gff3 reference with the following error highlighted in bold:</div>
<div><br></div><div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><div> samtools view -sB Kronos0_KTC1_bwa_ABgenome_20131211.sorted.rmdup.bam | htseq-count - /Volumes/DATA2/users/havasquezgross/Projects/exon_capture/database/Triticum_aestivum.IWGSP1.21.noQs.gff3</div>
<div>Error occured in line 137 of file /Volumes/DATA2/users/havasquezgross/Projects/exon_capture/database/Triticum_aestivum.IWGSP1.21.noQs.gff3.</div><div><b>Error: Feature Traes_3AS_775C097A2.E1 does not contain a 'gene_id' attribute</b></div>
<div>[Exception type: SystemExit, raised in count.py:55]</div><div><br></div><div>Another item to consider for the march release.  I look forward to working with the updated release.</div><div><br></div><div>Cheers,</div>
<div>-Hans</div></div></div></div>
</div></div>