<div dir="ltr">Hi Dylan,<div><br></div><div>The strand of the alleles you give is specified in the 5th column; in the example you cite, the strand is "-", so the reverse/negative strand.</div><div><br></div><div>
This means the CGT is the reference sequence on the reverse strand; it would therefore be ACG (since the sequence is reversed as well as complemented) on the forward strand for the same given coordinates.</div><div><br></div>
<div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 17 March 2014 09:40, Dylan Spalding <span dir="ltr"><<a href="mailto:spalding@ebi.ac.uk" target="_blank">spalding@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
I just want to confirm which strand the reference allele is given as in the default VEP input fomat.<br>
<br>
For example,<br>
<br>
8   12600     12602     CGT/- -<br>
<br>
as given here: <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/vep_formats.html" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/<u></u>docs/tools/vep/vep_formats.<u></u>html</a> ,<br>
<br>
does CGT refer to the allele on the + strand or the deleted allele on the - strand?<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Dylan.<br>
<br>
-- <br>
Dylan Spalding<br>
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)<br>
European Molecular Biology Laboratory<br>
Wellcome Trust Genome Campus<br>
Hinxton<br>
Cambridge CB10 1SD<br>
United Kingdom<br>
Email <a href="mailto:spalding@ebi.ac.uk" target="_blank">spalding@ebi.ac.uk</a><br>
<br>
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<u></u>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>