<div dir="ltr">Hi Alexia,<div><br></div><div>This SNP has been flagged as suspect by our QC process, as indicated by the info box of the page you linked to.</div><div><br></div><div>By default the API does not return these flagged variants; you can force the API to return them by calling the following:</div>
<div><br></div><div>$vfa->db->include_failed_variations(1);<br></div><div><br></div><div>before you do the fetch.</div><div><br></div><div>You only need to do this once; the flag is set and retained in memory for all variation adaptors that you use.</div>
<div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div>
</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 27 March 2014 12:01, Alexia Cardona <span dir="ltr"><<a href="mailto:ac812@cam.ac.uk" target="_blank">ac812@cam.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">Hi,<div>I am trying to get SNP information given a location on the genome.  I am basically creating a slice from a location (Chromosome 1 pos 564598) and use it to get the list of variant features in that slice (fetch_all_by_Slice).  The problem is that the array is empty.  When searching through Ensembl browser online however there is SNP at that location.  Does anyone know if this is a bug or if I'm doing something wrong please?</div>


<div><br></div><div>(Code snipped below)</div><div><br></div><div>Thanks</div><div><br></div><div>Ensembl link online: <a href="http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Mappings?db=core;r=1:564098-565098;v=rs144350286;vdb=variation;vf=4442009" target="_blank">http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Mappings?db=core;r=1:564098-565098;v=rs144350286;vdb=variation;vf=4442009</a></div>


<div><br></div><div>##############################</div><div><br></div><div><div>use strict;</div><div>use warnings;</div><div><br></div><div>use Bio::EnsEMBL::Registry;</div><div><br></div><div>my $registry = "Bio::EnsEMBL::Registry";</div>


<div><br></div><div>$registry->load_registry_from_db(</div><div>  -host => '<a href="http://ensembldb.ensembl.org" target="_blank">ensembldb.ensembl.org</a>',</div><div>  -user => 'anonymous',</div>
<div>);</div>
<div>
<br></div><div><br></div><div>#create slice</div><div>my $sliceAdaptor = $registry->get_adaptor('human', 'core', 'slice');</div><div>my $slice = $sliceAdaptor->fetch_by_region('chromosome', 1, 564598 , 564598);</div>


<div>my $vfa = $registry->get_adaptor('human', 'variation', 'variationfeature');</div><div>my$vfs = $vfa->fetch_all_by_Slice($slice);</div><div>print scalar @$vfs; #returns 0</div><div>my $vfs2 = $vfa->fetch_all_somatic_by_Slice($slice);</div>


<div>print scalar @$vfs2; #returns 0</div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>