<div dir="ltr"><div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">VEP Users -</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">If you need to visualize the results of VariantEffectPredictor, there are a number of solutions, including VEP's built-in, very useful summary HTML file and also the VEPbrowse plugin.</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">We'd like to bring your attention to <a href="https://github.com/Genentech/pviz" target="_blank">pViz.js</a> an open source JavaScript library which makes it easy to develop visualizations of protein features.</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">As a demonstration of capabilities of pViz we deployed an app to upload and visualize the results of VEP one gene at time. </div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><a href="http://research-pub.gene.com/pviz/app/vep/" target="_blank">http://research-pub.gene.com/pviz/app/vep/</a><br>
</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">The demo app lets you search for -</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
<ul><li style="margin-left:15px">search for genes, </li><li style="margin-left:15px">display variant annotations<br></li><li style="margin-left:15px">color variants by annotation</li><li style="margin-left:15px">zoom-in to any region of the protein</li>
</ul></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">We hope the VEP app will inspire you to use pViz for developing such protein feature visualizations. Other examples of pViz can be found here:</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
<br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><a href="http://research-pub.gene.com/pviz/examples/" target="_blank">http://research-pub.gene.com/pviz/examples/</a></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
<br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Please let us know of any suggestions or feedback</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
-Kiran Mukhyala and Alex Masselot</div></div><div><br></div><br></div>