<div dir="ltr">I should also say that there's currently no way to prioritise LRG consequences other than filtering using <a href="http://filter_vep.pl">filter_vep.pl</a>, though this wouldn't be a complete solution.<div>
<br></div><div>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 1 April 2014 09:51, Will McLaren <span dir="ltr"><<a href="mailto:wm2@ebi.ac.uk" target="_blank">wm2@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Andrew,<div><br></div><div>In fact this is already possible; just add the flag --lrg at runtime. Note however that using LRGs depends on connecting to our database, so this will not work using --offline and will connect to <a href="http://ensembldb.ensembl.org" target="_blank">ensembldb.ensembl.org</a> when using --cache. Because of this database connection you may find that the script runs more slowly as it attempts to remap your input variants to LRG coordinates.</div>

<div><br></div><div>I'm afraid this is missing from the documentation currently, I will get that updated.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div>
<div class="gmail_extra">
<br><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On 31 March 2014 22:24, Andrew Carson <span dir="ltr"><<a href="mailto:acarson@invivoscribe.com" target="_blank">acarson@invivoscribe.com</a>></span> wrote:<br>
</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5">
<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><div><p class="MsoNormal">Hi ensembl-dev team,<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">I was just wondering if there are plans to incorporate the LRG (locus reference genomic) records into the VEP annotation pipeline (from here: <a href="http://www.lrg-sequence.org/home" target="_blank">http://www.lrg-sequence.org/home</a>). I only ask because in the HGVS new clinical reporting guidelines they recommend using the LRG sequence (if one is present) to standardize variant reporting. <u></u><u></u></p>

<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">It would also be very useful to have an option where, if a variant overlaps an LRG, you can choose to “pick” that consequence over other consequences. <u></u><u></u></p>

<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">Any thoughts on if this could be added to the development for the next release cycle?<br><br>Thanks for all of your help!<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">

<u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Myriad Pro","sans-serif"">Andrew R. Carson, Ph.D.</span> <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div></div><br></div>
</div>_______________________________________________<br>

Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div>