<div dir="ltr">Hi Stuart,<div><br></div><div>Apologies, I tweaked this bit of code for v75 and made a typo which causes this error.</div><div><br></div><div>I've fixed up the code on GitHub - if you re-download the VEP archive or git pull in the ensembl-tools directory (if you used git to get it) you should get the fixed version.</div>
<div><br></div><div>You could also just download this file over the top of your existing <a href="http://variant_effect_predictor.pl">variant_effect_predictor.pl</a> script:</div><div><br></div><div><a href="https://github.com/Ensembl/ensembl-tools/blob/release/75/scripts/variant_effect_predictor/variant_effect_predictor.pl">https://github.com/Ensembl/ensembl-tools/blob/release/75/scripts/variant_effect_predictor/variant_effect_predictor.pl</a><br>
</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 31 March 2014 17:04, Stuart Watt <span dir="ltr"><<a href="mailto:Stuart.Watt@oicr.on.ca" target="_blank">Stuart.Watt@oicr.on.ca</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
Has something changed with the VEP options for —sift and —polyp hen when run offline?
<div><br>
</div>
<div>I’m getting "INFO: --sift is not available for this species” message (same for polyphen) when I use it. </div>
<div><br>
</div>
<div>Culpable lines appear to be (from #1833):</div>
<div><br>
</div>
<div>
<blockquote type="cite">
<div style="margin:0px;font-family:Menlo">  my $string = 'config_'.$tool.'_version';</div>
<div style="margin:0px;font-family:Menlo;min-height:14px">  if(!defined($config->{$string}) && !defined($config->{offline})) {</div>
<div style="margin:0px;font-family:Menlo">    my $var_mca = $config->{reg}->get_adaptor($config->{species}, 'variation', 'metacontainer');</div>
<div style="margin:0px;font-family:Menlo">    my $values = $var_mca->list_value_by_key($tool.'_version') if defined($var_mca);</div>
<div style="margin:0px;font-family:Menlo">    $config->{$string} = $values->[0] if $values && scalar @$values;</div>
<div style="margin:0px;font-family:Menlo">  }</div>
<div style="margin:0px;font-family:Menlo;min-height:14px"><br>
</div>
<div style="margin:0px;font-family:Menlo">  if(!defined($config->{$string})) {</div>
<div style="margin:0px;font-family:Menlo">    debug("INFO: --$tool is not available for this species") unless defined($config->{quiet});</div>
<div style="margin:0px;font-family:Menlo">    delete $config->{$tool};</div>
<div style="margin:0px;font-family:Menlo">  }</div>
</blockquote>
<div>
<div style="margin:0px;font-family:Menlo"><br>
</div>
</div>
<div>Because <span style="font-family:Menlo">$config->{config_sift_version} </span>is never set anywhere, this simply falls through the first condition into the second, removing the setting.</div>
<div><br>
</div>
<div>When ran this in the debugger and manually set <span style="font-family:Menlo">$config->{config_sift_version}</span> and <span style="font-family:Menlo">$config->{config_polyphen_version}</span> , all seemed to work fine. It seems they should either
 be set somehow, or be not required. Or maybe the first condition is supposed to test for <span style="font-family:Menlo">defined($config->{$tool})</span> instead. </div>
<div><br>
</div>
<div>I don’t know the innards of the config setup here, but any advice would be welcome. </div>
<div><br>
</div>
<div>All the best</div>
<div>Stuart</div>
<div>
<div style="text-align:start;text-indent:0px;word-wrap:break-word">
<div style="text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;word-wrap:break-word">
<p style="line-height:normal;letter-spacing:normal;font-variant:normal;text-transform:none;font-size:8pt;font-style:normal;white-space:normal;margin-bottom:0px;font-family:Arial,sans-serif;font-weight:normal;word-spacing:0px">

--</p>
<div style="color:rgb(57,121,59);font-family:Verdana,sans-serif;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;font-size:10pt;margin-top:0px;margin-bottom:0px">

<b>Stuart Watt, PhD</b></div>
<p style="line-height:normal;letter-spacing:normal;font-variant:normal;text-transform:none;font-size:8pt;font-style:normal;white-space:normal;font-family:Verdana,sans-serif;margin-top:0px;font-weight:normal;word-spacing:0px">

Scientific Associate</p>
<p style="color:rgb(57,121,59);font-family:Verdana,sans-serif;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;font-size:10pt;margin-bottom:0px">

<b>Ontario Institute for Cancer Research</b></p>
<p style="margin-top:0px"><font face="Verdana, sans-serif"><span style="font-size:11px">MaRS Centre<br>
661 University Avenue<br>
Suite 510 <br>
Toronto, Ontario<br>
Canada M5G 0A3</span></font></p>
<p style="margin-top:0px"><font face="Verdana, sans-serif"><span style="font-size:11px">Tel: <a href="tel:647-260-7990" value="+16472607990" target="_blank">647-260-7990</a> <br>
Twitter: @morungos<br>
</span></font><span style="font-family:Verdana,sans-serif;font-size:11px">Toll-free: <a href="tel:1-866-678-6427" value="+18666786427" target="_blank">1-866-678-6427</a></span></p>
<p style="margin-top:0px"><a href="http://www.oicr.on.ca/" style="font-family:Verdana,sans-serif;font-size:8pt;text-align:-webkit-auto" target="_blank">www.oicr.on.ca</a></p>
<p style="line-height:normal;letter-spacing:normal;font-variant:normal;text-transform:none;font-size:8pt;font-style:normal;white-space:normal;font-family:Arial,sans-serif;font-weight:normal;word-spacing:0px">
This message and any attachments may contain confidential and/or privileged information for the sole use of the intended recipient. Any review or distribution by anyone other than the person for whom it was originally intended is strictly prohibited. If you
 have received this message in error, please contact the sender and delete all copies. Opinions, conclusions or other information contained in this message may not be that of the organization.</p>
</div>
</div>
</div>
<br>
</div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>