<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>Yes, the VEP will recognise and deal with Ns appropriately; in coding sequence they are treated as "unknown", so if you change a reference base to N in coding sequence, the consequence will be given as the generic term coding_sequence_variant.</div>
<div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 14 April 2014 10:44, Genomeo Dev <span dir="ltr"><<a href="mailto:genomeodev@gmail.com" target="_blank">genomeodev@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>Does VEP recognise the unspecified nucleotide symbol 'N' in the input reference and alternative fields?</div>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">G.</div>
</div></font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>