<div dir="ltr">If you do want a quick way to get all rsIDs that fall in a gene, this query should work:<div><br></div><div><div><div>SELECT vf.variation_name</div><div>FROM homo_sapiens_variation_75_37.variation_feature vf, homo_sapiens_core_75_37.gene g</div>
<div>WHERE g.seq_region_id = vf.seq_region_id</div><div>AND vf.seq_region_end >= g.seq_region_start</div><div>AND vf.seq_region_start <= g.seq_region_end</div><div>AND vf.source_id = 1</div><div>AND g.stable_id = 'ENSG00000196218'</div>
</div><div><br></div><div>Replace ENSG00000196218 with the stable identifier of your gene of interest. Remove "AND vf.source_id = 1" if you also want variation features from sources that aren't dbSNP.</div><div>
<br></div><div>As Kieron says, we would encourage you to use our perl API, REST API or BioMart, all of which can accomplish this same task without the risks of schema changes.</div></div><div><br></div><div>The REST API is particularly suited to this sort of task; the following URL retrieves all variants in a gene with ID ENSG00000157764:</div>
<div><br></div><div><a href="http://beta.rest.ensembl.org/feature/id/ENSG00000157764?feature=variation;content-type=application/json">http://beta.rest.ensembl.org/feature/id/ENSG00000157764?feature=variation;content-type=application/json</a><br>
</div><div><br></div><div>See <a href="http://beta.rest.ensembl.org/documentation/info/feature_id">http://beta.rest.ensembl.org/documentation/info/feature_id</a> for more details.</div><div><br></div><div>Regards</div><div>
<br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 16 April 2014 13:46, Kieron Taylor <span dir="ltr"><<a href="mailto:ktaylor@ebi.ac.uk" target="_blank">ktaylor@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Ensembl has a table for each genetic feature type, hence we have a Transcript table, a Gene table, and one for each class of variation. Each table shares a common set of fields, plus more that are specific to that feature. This is slightly contrary to a traditionally normalised schema.<br>

<br>
It is not clear to me what you mean by "RS inside a Gene". If you wish to understand our schema, please take a look at the following link.<br>
<br>
<a href="http://www.ensembl.org/info/docs/api/core/core_schema.html" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/<u></u>docs/api/core/core_schema.html</a><br>
<br>
I urge you to find another way to access our data if at all possible. Direct SQL queries against our schema is sometimes the right solution, but suffers when we have to make changes in later releases. Our API and other services insulate you from these changes. Also, some commonly required data is computed and therefore cannot be found in the database at all.<br>

<br>
Regards,<br>
<br>
Kieron Taylor<br>
Ensembl Core<div><div class="h5"><br>
<br>
On 16/04/2014 13:17, Igo Medeiros wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi,<br>
how can I found relation, in DB, between Gene and all RS inside Gene?<br>
there are columns like seq_region_start, seq_region_end ans<br>
seq_region_id those repeat in three tables(variation_feature,<br>
structural_variation_feature and phenotype_feature), what the diferent<br>
between them?<br>
Sorry for my english, its not so good. And thank you for help.<br>
<br>
--<br>
Igo Paixão de Medeiros<br>
<br>
</blockquote>
<br>
<br></div></div>
______________________________<u></u>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<u></u>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>