
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Dear Ensembl developers and users,</div><div><span style="font-family: Verdana, Geneva, sans-serif; "><br></span></div><div><span style="font-family: Verdana, Geneva, sans-serif; ">I'm involved in some helminth genome sequencing projects in my group, and my colleague (Eleanor Stanley) has built an-house Compara database for these genomes.</span></div><div><span style="font-family: Verdana, Geneva, sans-serif; "><br></span></div><div><span style="font-family: Verdana, Geneva, sans-serif; ">I'm interested in identifying gene losses in the gene trees, and noticed that some nodes have 'lost_species_tree_node_id' tags, with the node id. of lost species in the species tree. These ids. are numbers, eg. 40001150.</span></div><div><span style="font-family: Verdana, Geneva, sans-serif; "><br></span></div><div><span style="font-family: Verdana, Geneva, sans-serif; ">However, I'm wondering how do I find out which species a particular species tree node id. (eg. 40001150) corresponds to?</span></div><div><span style="font-family: Verdana, Geneva, sans-serif; "><br></span></div><div><span style="font-family: Verdana, Geneva, sans-serif; ">I will be very grateful for any help.</span></div><div><span style="font-family: Verdana, Geneva, sans-serif; "><br></span></div><div><span style="font-family: Verdana, Geneva, sans-serif; ">Regards,</span></div><div><span style="font-family: Verdana, Geneva, sans-serif; ">Avril</span></div><div><span style="font-family: Verdana, Geneva, sans-serif; "><br></span></div><div><span style="font-family: Verdana, Geneva, sans-serif; ">Avril Coghlan</span></div><div><font face="Verdana, Geneva, sans-serif">Parasite Genomics Team</font></div><div><font face="Verdana, Geneva, sans-serif">Sanger Institute</font></div><div><font face="Verdana, Geneva, sans-serif"><br></font></div><br></body></html>