
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Hello!<div><br></div><div>I've been using the API to get the length of the coding portion of a transcript and I think I figured out the best way is:</div><div><br></div><div>my $transcript_cds_length = $transcript_variation->transcript->cdna_coding_end - $transcript_variation->transcript->cdna_coding_start + 1;</div><div><br></div><div>However, for some transcripts, this number is not a multiple of 3 (though it is approximately correct - within 2 bp of the number of AA's of the transcript * 3). It seems to happen when there is a "CDS Incomplete" status on the transcript (e.g. <a href="http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Summary?g=ENSG00000162458;r=1:16084441-16091522;t=ENST00000510929">http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Summary?g=ENSG00000162458;r=1:16084441-16091522;t=ENST00000510929</a>). I would have thought if the CDS were incomplete then "cdna_coding_end" or "cdna_coding_start" would be undefined - is there another way to get the CDS Incomplete status?</div><div><br></div><div>And side note, is this the best way to get transcript length? I couldn't seem to find a direct reference to the length.<br><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div apple-content-edited="true">

<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">Thanks!<br class="Apple-interchange-newline">-Konrad</div></div>

</div>

<br></div></body></html>