<div dir="ltr">I can't think of anything else - perhaps you can send me a snippet of your input that recreates the problem?<div><br></div><div>e.g. a file with 1000 lines that the VEP reports annotating only 995</div><div>
<br></div><div>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 28 April 2014 10:01, Marlies Dolezal <span dir="ltr"><<a href="mailto:marlies.dolezal@gmail.com" target="_blank">marlies.dolezal@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>hi Will,<br>thanks for your quick reply!<br>unfortunately using the  --allow_non_variant option gave the exact same output. <br>
<br><br>-offline --allow_non_variant --force_overwrite --species bos_taurus --fork 16 - --input_file Chr$i.vcf --o Chr$i.vep<br>
<br>Start time 2014-04-28 10:27:05<br>End time 2014-04-28 10:36:57<br>Run time 592 seconds<div class=""><br><br><br>Lines of input read 900857<br>Variants processed 900241<br></div>Variants remaining after filtering 900241<br>
<br><br></div>any other ideas?<br>
thanks again!<br>regards, marlies <br><div><br><br>2014-04-28 10:24 GMT+02:00 Will McLaren <<a href="mailto:wm2@ebi.ac.uk" target="_blank">wm2@ebi.ac.uk</a>>:<div><div class="h5"><br>><br>> Hello,<br>><br>
> It's possible you have some non-variant lines in your VCF; these will have a "." as the ALT allele column, something like:<br>
><br>> 21      26960070        .     G       .       .       .       .<br>><br>> By default the VEP ignores these. You can force the VEP to allow them through (though they still won't be annotated) using --allow_non_variant.<br>

><br>> Regards<br>><br>> Will McLaren<br>> Ensembl Variation<br>><br>><br>> On 28 April 2014 08:52, Marlies Dolezal <<a href="mailto:marlies.dolezal@gmail.com" target="_blank">marlies.dolezal@gmail.com</a>> wrote:<br>

>><br>>> hi all,<br>>><br>>> i am using the latest VEP version 75 (API)(75) to annotate samtools VCF files.<br>>><br>>> -offline --force_overwrite --species bos_taurus --fork 16 --input_file Chr$i.vcf --o Chr$i.vep<br>

>><br>>><br>>> the General statistics section of the VEP_summary.html tells me that all lines of my vcfs are read in, but only a subset of these are processed.<br>>> eg:<br>>> Lines of input read 900857<br>

>> Variants processed 900241<br>>><br>>> the difference in lines does not correspond to header/comment lines only.<br>>><br>>> where can i find out which variants are not processed to try to figure out why they are not processed?<br>

>><br>>> thanks a lot in advance<br>>> regards Marlies<br>>><br>>><br>>><br>>><br>>><br>>><br>>> --<br>>> Dr. Marlies Dolezal<br>>> 1030 Vienna<br>>> Austria/Europe<br>

>><br>>> marlies.dolezal(at)<a href="http://gmail.com" target="_blank">gmail.com</a><br>>><br>>> “The great tragedy of science is the slaying of a beautiful hypothesis by an ugly fact.”<br>>> Thomas Henry Huxley<br>

>> (1825-1895)<br>>><br>>><br>>><br>>><br>>> _______________________________________________<br>>> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
>> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
>> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>>><br>><br>><br>> _______________________________________________<br>> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>

> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>

><br><br><br><br>--<br>Dr. Marlies Dolezal<br>1030 Vienna<br>Austria/Europe<br><br>marlies.dolezal(at)<a href="http://gmail.com" target="_blank">gmail.com</a><br><br>“The great tragedy of science is the slaying of a beautiful hypothesis by an ugly fact.”<br>

Thomas Henry Huxley<br>(1825-1895)</div></div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>