<div dir="ltr"><div>hi Will,<br>thanks for your quick reply!<br>unfortunately using the  --allow_non_variant option gave the exact same output. <br><br><br>-offline --allow_non_variant --force_overwrite --species bos_taurus --fork 16 - --input_file Chr$i.vcf --o Chr$i.vep<br>
<br>Start time 2014-04-28 10:27:05<br>End time 2014-04-28 10:36:57<br>Run time 592 seconds<br><br><br>Lines of input read 900857<br>Variants processed 900241<br>Variants remaining after filtering 900241<br><br><br></div>any other ideas?<br>
thanks again!<br>regards, marlies <br><div><br><br>2014-04-28 10:24 GMT+02:00 Will McLaren <<a href="mailto:wm2@ebi.ac.uk">wm2@ebi.ac.uk</a>>:<br>><br>> Hello,<br>><br>> It's possible you have some non-variant lines in your VCF; these will have a "." as the ALT allele column, something like:<br>
><br>> 21      26960070        .     G       .       .       .       .<br>><br>> By default the VEP ignores these. You can force the VEP to allow them through (though they still won't be annotated) using --allow_non_variant.<br>
><br>> Regards<br>><br>> Will McLaren<br>> Ensembl Variation<br>><br>><br>> On 28 April 2014 08:52, Marlies Dolezal <<a href="mailto:marlies.dolezal@gmail.com">marlies.dolezal@gmail.com</a>> wrote:<br>
>><br>>> hi all,<br>>><br>>> i am using the latest VEP version 75 (API)(75) to annotate samtools VCF files.<br>>><br>>> -offline --force_overwrite --species bos_taurus --fork 16 --input_file Chr$i.vcf --o Chr$i.vep<br>
>><br>>><br>>> the General statistics section of the VEP_summary.html tells me that all lines of my vcfs are read in, but only a subset of these are processed.<br>>> eg:<br>>> Lines of input read 900857<br>
>> Variants processed 900241<br>>><br>>> the difference in lines does not correspond to header/comment lines only.<br>>><br>>> where can i find out which variants are not processed to try to figure out why they are not processed?<br>
>><br>>> thanks a lot in advance<br>>> regards Marlies<br>>><br>>><br>>><br>>><br>>><br>>><br>>> --<br>>> Dr. Marlies Dolezal<br>>> 1030 Vienna<br>>> Austria/Europe<br>
>><br>>> marlies.dolezal(at)<a href="http://gmail.com">gmail.com</a><br>>><br>>> “The great tragedy of science is the slaying of a beautiful hypothesis by an ugly fact.”<br>>> Thomas Henry Huxley<br>
>> (1825-1895)<br>>><br>>><br>>><br>>><br>>> _______________________________________________<br>>> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>>> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
>> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/">http://www.ensembl.info/</a><br>>><br>><br>><br>> _______________________________________________<br>> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br><br><br><br>--<br>Dr. Marlies Dolezal<br>1030 Vienna<br>Austria/Europe<br><br>marlies.dolezal(at)<a href="http://gmail.com">gmail.com</a><br><br>“The great tragedy of science is the slaying of a beautiful hypothesis by an ugly fact.”<br>
Thomas Henry Huxley<br>(1825-1895)</div></div>