<div dir="ltr">Hello,<div><br>It's possible you have some non-variant lines in your VCF; these will have a "." as the ALT allele column, something like:</div><div><br></div><div>21      26960070        .     G       .       .       .       .<br>
</div><div><br></div><div>By default the VEP ignores these. You can force the VEP to allow them through (though they still won't be annotated) using --allow_non_variant.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br>
</div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 28 April 2014 08:52, Marlies Dolezal <span dir="ltr"><<a href="mailto:marlies.dolezal@gmail.com" target="_blank">marlies.dolezal@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>hi all,<br><br>i am using the latest VEP version 75 (API)(75) to annotate samtools VCF files.<br><br>
-offline --force_overwrite --species bos_taurus --fork 16 --input_file Chr$i.vcf --o Chr$i.vep<br><br>
<br>the General statistics section of the VEP_summary.html tells me that all lines of my vcfs are read in, but only a subset of these are processed.<br>eg:<br>Lines of input read 900857<br>Variants processed 900241<br><br>

the difference in lines does not correspond to header/comment lines only.<br><br>where can i find out which variants are not processed to try to figure out why they are not processed?<br><br>thanks a lot in advance<br></div>

regards Marlies <br><div><br><br><br><br><br><br>--<br>Dr. Marlies Dolezal<br>1030 Vienna<br>Austria/Europe<br><br>marlies.dolezal(at)<a href="http://gmail.com" target="_blank">gmail.com</a><br><br>“The great tragedy of science is the slaying of a beautiful hypothesis by an ugly fact.”<br>

Thomas Henry Huxley<br>(1825-1895)<br><br><br><br></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>