<div dir="ltr"><div>hi all,<br><br>i am using the latest VEP version 75 (API)(75) to annotate samtools VCF files.<br><br>-offline --force_overwrite --species bos_taurus --fork 16 --input_file Chr$i.vcf --o Chr$i.vep<br><br>
<br>the General statistics section of the VEP_summary.html tells me that all lines of my vcfs are read in, but only a subset of these are processed.<br>eg:<br>Lines of input read 900857<br>Variants processed 900241<br><br>
the difference in lines does not correspond to header/comment lines only.<br><br>where can i find out which variants are not processed to try to figure out why they are not processed?<br><br>thanks a lot in advance<br></div>
regards Marlies <br><div><br><br><br><br><br><br>--<br>Dr. Marlies Dolezal<br>1030 Vienna<br>Austria/Europe<br><br>marlies.dolezal(at)<a href="http://gmail.com">gmail.com</a><br><br>“The great tragedy of science is the slaying of a beautiful hypothesis by an ugly fact.”<br>
Thomas Henry Huxley<br>(1825-1895)<br><br><br><br></div></div>