<div dir="ltr"><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Hi,</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">(1)</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
<br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Using biomart it is possible to retrieve a sequence of a transcript with information in the header about Exon Ranks in Transcript (see image below). In this example, I wonder what order, it is correct to assume that 2;5;4;3;1 refer to some indices of the exons as defined based on the canonical transcript? but what is the meaning of this unordered indices here for this particular transcript?</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">>GRM3|ENSG00000198822|ENST00000546348|ENSP00000444064|1416|2;4;3;1<br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
<div>MRRTNHEPEPGCRLTAAAATAVSSSSCQELSVRAPFNPNKDADSIVKFDTFGDGMGRYNV</div><div>FNFQNVGGKYSYLKVGHWAETLSLDVNSIHWSRNSVPTSQCSDPCAPNEMKNMQPGDVCC</div><div>WICIPCEPYEYLADEFTCMDCGSGQWPTADLTGCYDLPEDYIRWEDAWAIGPVTIACLGF</div><div>MCTCMVVTVFIKHNNTPLVKASGRELCYILLFGVGLSYCMTFFFIAKPSPVICALRRLGL</div>
<div>GSSFAICYSALLTKTNCIARIFDGVKNGAQRPKFISPSSQVFICLGLILVQIVMVSVWLI</div><div>LEAPGTRRYTLAEKRETVILKCNVKDSSMLISLTYDVILVILCTVYAFKTRKCPENFNEA</div><div>KFIGFTMYTTCIIWLAFLPIFYVTSSDYRVQTTTMCISVSLSGFVVLGCLFAPKVHIILF</div><div>QPQKNVVTHRLHLNRFSVSGTGTTYSQSSASTYVPTVCNGREVLDSTTSSL*</div>
</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">(2)</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
<br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">What is Constitutive Exon feature in Biomart?  See bottom of picture. For ENSG00000198822, exon 1 appears in all transcript but is not flagged as constitutive by this feature.</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Regards<br></div><div><br></div>
-- <br><div dir="ltr">G.</div>
</div>