<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>We keep a record of merged rsIDs in the variation_synonym table of our database.</div><div><br></div><div>When you do a look-up by rsID, e.g.</div><div><br></div><div>my $variation = $variation_adaptor->fetch_by_name('rs7335199');</div>
<div><br></div><div>the API checks both the variation (for the primary ID) and variation_synonym (for the archived IDs). </div><div><br></div><div>In the above example this will actually return the variation object corresponding to rs3, to which it has been merged.</div>
<div><br></div><div>Once you have the variation object you can ask for synonyms (i.e. all of the archived IDs) with the following call:</div><div><br></div><div>my @synonyms = @{$variation->get_all_synonyms()};</div><div>
<br></div><div>To limit this to just rsIDs, for example, add the source 'dbSNP' as an argument:</div><div><br></div><div>my @rs_synonyms = @{$variation->get_all_synonyms('dbSNP')};<br></div><div><br></div>
<div>In the example, both of these lists will then contain the archived rsID that you initially searched for.</div><div><br></div><div>We do not retain variation_feature records corresponding to archived rsIDs, since they are considered to be merged with the primary rsID's variation_feature(s).</div>
<div><br></div><div>Hope that helps</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 2 May 2014 14:56, Jerome Dauvillier <span dir="ltr"><<a href="mailto:jerome.dauvillier@isb-sib.ch" target="_blank">jerome.dauvillier@isb-sib.ch</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Ensembl dev,<br>
<br>
Is there some support in the API for<br>
- Detecting a rs-ID refers to a synonymous variation ?<br>
- Given the rs-ID of a synonymous variation, getting the variation it was merged into, and the corresponding variation feature object ?<br>
<br>
Many thanks in advance !<br>
<br>
Best,<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
-- <br>
Jérôme Dauvillier<br>
SIB | Swiss Institute of Bioinformatics<br>
<br>
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<u></u>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div>