<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>Yes, this is the intended behaviour. Most users who requested this feature were interested in one consequence per variant position.</div><div><br></div><div>I can possibly add another option (something like --pick_allele) that does this if there is enough demand.</div>
<div><br></div><div>You could also split your VCF entry across two lines with one per allele, this would give you the desired effect too.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div>
</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 5 May 2014 23:12, Allison Regier <span dir="ltr"><<a href="mailto:aregier@genome.wustl.edu" target="_blank">aregier@genome.wustl.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I noticed that with the --pick option, vep will only annotate one alternate allele if there are multiple alternates in the vcf entry.  This seems undesirable - is it intended?<br>

For example, a variant at<br>
21      39207700        .       T       C,G<br>
<br>
got the annotation<br>
CSQ=C|ENSG00000157542|ENST00000609713|Transcript|INTRONIC||||||||||||-1|YES|KCNJ6|HGNC|||ENST00000609713.1:c.25+5260A>G|<br>
with --pick turned on<br>
<br>
and<br>
CSQ=C|ENSG00000157542|ENST00000288309|Transcript|INTRONIC||||||||-1|KCNJ6|HGNC|,G|ENSG00000157542|ENST00000288309|Transcript|INTRONIC||||||||-1|KCNJ6|HGNC|,C|ENSG00000157542|ENST00000609713|Transcript|INTRONIC||||||||-1|KCNJ6|HGNC|,G|ENSG00000157542|ENST00000609713|Transcript|INTRONIC||||||||-1|KCNJ6|HGNC|<br>

with --pick turned off<br>
<br>
I would have liked to see the “top” transcript picked for each alternate allele:<br>
CSQ=C|ENSG00000157542|ENST00000609713|Transcript|INTRONIC||||||||||||-1|YES|KCNJ6|HGNC|||ENST00000609713.1:c.25+5260A>G|,G|ENSG00000157542|ENST00000609713|Transcript|INTRONIC||||||||-1|KCNJ6|HGNC|<br>
____<br>
This email message is a private communication. The information transmitted, including attachments, is intended only for the person or entity to which it is addressed and may contain confidential, privileged, and/or proprietary material. Any review, duplication, retransmission, distribution, or other use of, or taking of any action in reliance upon, this information by persons or entities other than the intended recipient is unauthorized by the sender and is prohibited. If you have received this message in error, please contact the sender immediately by return email and delete the original message from all computer systems. Thank you.<br>

<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>