
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Hello again,<div><br></div><div>I've noticed some odd behavior when using the filtering capability of plugins. I ran the RankFilter plugin with at minimum intron_variant's (--plugin RankFilter,intron_variant) and noticed that instead of not printing the consequence it prints a set of blank fields. In the extreme case, I get a line like:</div><div><br></div><div>CSQ=|||||||||||||||,|||||||||||||||,|||||||||||||||,|||||||||||||||,|||||||||||||||,|||||||||||||||,|||||||||||||||,|||||||||||||||</div><div><br></div><div>Is this expected behavior or am I missing something: shouldn't these be removed completely?</div><div><br></div><div>Full call: perl variant_effect_predictor.pl -i input.vcf.gz -o output.vcf --cache --compress "gunzip -c" --vcf --force_overwrite --offline --fork 4 --fasta ~/.vep/homo_sapiens/75/Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.primary_assembly.fa --plugin LoF --plugin RankFilter,intron_variant</div><div><br></div><div>Thanks!</div><div><div apple-content-edited="true"><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">-Konrad</div></div>

</div>

<br></div></body></html>