<div dir="ltr">Hi Konrad,<div><br></div><div>There is such a flag, but it was put in exclusively for use by the webcode and hence not documented as I figured most people would do as you suggest.</div><div><br></div><div>Adding --tabix when using --vcf bgzips and tabix indexes your output. Make sure to name your output file *.gz using -o. Note, however, that an uncompressed file is created first and then bgzipped - for some reason tabix complains about bgzipped files created via piped output.</div>
<div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 20 May 2014 02:04, Konrad Karczewski <span dir="ltr"><<a href="mailto:konradk@broadinstitute.org" target="_blank">konradk@broadinstitute.org</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi everyone,<div><br></div><div>Is there a plan to generate a gzipped VCF in VEP any time soon? I know it can read it (which is fantastic, by the way) and I can always "vep ... | gzip" but it'd be really useful if there were a --output_gzip flag or something similar to output directly.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<div>
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word"><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
<br>-Konrad</div></div></div></font></span></div></div><br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>