<div dir="ltr">Hi Konrad,<div><br></div><div>This is a bug in the output handler for VCF files.</div><div><br></div><div>I've fixed it in the ensembl-variation module on release/75. Update your API checkout or rerun INSTALL.pl to pick up the fix.</div>
<div><br></div><div>Thanks for your help finding these!</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 20 May 2014 07:43, Konrad Karczewski <span dir="ltr"><<a href="mailto:konradk@broadinstitute.org" target="_blank">konradk@broadinstitute.org</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hello again,<div><br></div><div>I've noticed some odd behavior when using the filtering capability of plugins. I ran the RankFilter plugin with at minimum intron_variant's (--plugin RankFilter,intron_variant) and noticed that instead of not printing the consequence it prints a set of blank fields. In the extreme case, I get a line like:</div>
<div><br></div><div>CSQ=|||||||||||||||,|||||||||||||||,|||||||||||||||,|||||||||||||||,|||||||||||||||,|||||||||||||||,|||||||||||||||,|||||||||||||||</div><div><br></div><div>Is this expected behavior or am I missing something: shouldn't these be removed completely?</div>
<div><br></div><div>Full call: perl <a href="http://variant_effect_predictor.pl" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> -i input.vcf.gz -o output.vcf --cache --compress "gunzip -c" --vcf --force_overwrite --offline --fork 4 --fasta ~/.vep/homo_sapiens/75/Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.primary_assembly.fa --plugin LoF --plugin RankFilter,intron_variant</div>
<div><br></div><div>Thanks!</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><div><div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word">
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
-Konrad</div></div>
</div>
<br></div></font></span></div><br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>