<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>BED format for variants is not something we explicitly support in Ensembl, so we're probably not the best place to ask about this.</div><div><br></div><div>If this is connected to your other question about using the variants as a --custom annotation file in the VEP, you'd be better off leaving the file as a VCF (--custom supports VCF files too).</div>
<div><br></div><div>A quick google unearthed this tool:</div><div><br></div><div><a href="https://bedops.readthedocs.org/en/latest/">https://bedops.readthedocs.org/en/latest/</a><br></div><div><br></div><div>This might give you some more guidance.</div>
<div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 22 May 2014 15:34, Genomeo Dev <span dir="ltr"><<a href="mailto:genomeodev@gmail.com" target="_blank">genomeodev@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>I have a question about converting VCF to BED format for unbalanced variants:</div>
<div><br></div><a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/vep_formats.html" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/vep_formats.html</a><br clear="all">
<div><br></div><div>Is there a consensus as to how the start and end positions should be calculated in the BED format?</div><div><br></div><div>For instance dbSNP provides files in bed format but found no information about that.</div>

<div><br></div><div>Regards,</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">G.</div>
</font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>