<div dir="ltr">Your understanding is correct.<div><br></div><div>For unbalanced variants, there is no difference; any feature from the BED that overlaps any part of the coordinates representing the input variant should be reported.</div>

<div><br></div><div>In the odd case of insertions, where in Ensembl/VEP we represent this as start = end + 1 (where the base(s) are inserted between those two coordinates), the inserted base must fall _within_ the BED feature to be reported. Here's an example</div>
<div><br></div><div>BED:</div>
<div><br></div><div>chr1    10      20      feature1<br></div><div><br></div><div>Input variants:</div><div><br></div><div><div>1    20    21    AG/-  # deletion, feature1 reported</div><div>1    21    20    -/T     # insertion, feature1 NOT reported<br>
</div><div>1    20    19    -/T     # insertion, feature1 reported</div></div><div><br></div><div>Hope that helps</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><br>
<div class="gmail_quote">On 22 May 2014 19:21, Genomeo Dev <span dir="ltr"><<a href="mailto:genomeodev@gmail.com" target="_blank">genomeodev@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>When adding cusom annotations in VEP using a bed file as described here:</div><div><br></div><div><a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_custom.html" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_custom.html</a></div>

<div><br clear="all"><div>does the annotation type 'overlap' cause the reporting of all overlapping regions in the BED file for a given input variant? How is the overlap assessed for imbalanced variants?</div><div>

<br></div><div>Thanks,</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">G.</div>
</font></span></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>