
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Hello!<div><br></div><div>I've noticed all the collapsing options (--pick, --most_severe, and --per_gene) all seem to choose one consequence per VCF record. However, I would think that for multi-allelic sites, it may be advantageous in many cases to return one for each alternate allele. Maybe I missed it, but is there a way to do this in VEP?<br><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div apple-content-edited="true">

<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">Thanks!<br class="Apple-interchange-newline">-Konrad</div></div>

</div>

<br></div></body></html>