<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I would like to annotate a list of variants in VCF format with a BED file using VEP script with 'overlap' annotation type. For this VEP requires bed.gz and bed.gz.tabi:</div><div>
<br></div><div><a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_custom.html">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_custom.html</a></div><div><br></div><div>Given that coordinates in VCF are 1-based and in BED are 0-based, I would like to confirm that VEP takes that into account. Also, is tabix -0 option not required in generating the index file (as indicated in the above link)?</div>
<div><br></div><div>Thanks.</div><div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">G.</div>
</div></div>