<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>I wanted to dig out some mouse genes from Ensembl using old symbols of which I don't know the source. I am getting this discrepancy:</div><div><br></div><div>1) Between Ensembl website and API (75):</div>
<div><br></div><div>B930076A02<br></div><div><br></div><div>The website found this:</div><div><br></div><div><a href="http://www.ensembl.org/Multi/Search/Results?q=B930076A02;site=ensembl">http://www.ensembl.org/Multi/Search/Results?q=B930076A02;site=ensembl</a></div>
<div><br></div><div><br></div><div><div>my $registry = 'Bio::EnsEMBL::Registry';</div><div>$registry->load_registry_from_db(</div><div><span class="" style="white-space:pre">     </span>-host => '<a href="http://ensembldb.ensembl.org">ensembldb.ensembl.org</a>',</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>-user => 'anonymous'</div><div>);</div><div><br></div><div>my $gene_adaptor = Bio::EnsEMBL::Registry->get_adaptor( "mouse", "core", "gene" );</div>
</div><div>my $genes = $gene_adaptor->fetch_all_by_external_name('B930076A02');</div><div><br></div><div>This code found nothing.</div><div><br clear="all"><div>2) Ensmebl does not recognise these names while NCBI does:</div>
<div><br></div><div>LOC232400</div><div>LOC241525<br></div><div><br></div><div><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=LOC232400">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=LOC232400</a><br></div><div><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=LOC241525">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=LOC241525</a><br>
</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">G.</div>
</div></div>