<div dir="ltr">Hi Michael,<div><br></div><div>Thanks for your feedback.</div><div><br></div><div>The new VEP REST endpoints now use the same backend code as the VEP script and web interfaces. This has some big advantages, largely in performance and in the ease with which we can develop and evolve all three methods of VEP access.</div>
<div><br></div><div>There are downsides, one of which is the output generated by the VEP endpoints is now a very basic JSON conversion of the data structure returned by the VEP code. This data structure evolved primarily to feed the VEP script, which uses these odd upper/lower cases in its field names - the upper case ones generally are those found in the "Extra" field of the VEP script's output format. You can find a list of the fields and their definitions here:</div>
<div><br></div><div><a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/vep_formats.html#output">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/vep_formats.html#output</a><br></div><div><br></div><div>The <a href="http://beta.rest.ensembl.org">beta.rest.ensembl.org</a> server is still available if you wish to continue using it for now.</div>
<div><br></div><div>Of course we will take any feedback on board and if we decide to make any changes then the earlier the better in terms of reducing impact on our users.</div><div><br></div><div>Thanks again</div><div><br>
</div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 26 June 2014 16:41, Michael Heuer <span dir="ltr"><<a href="mailto:heuermh@gmail.com" target="_blank">heuermh@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello Magali,<br>
<br>
The format of the data returned by the vep endpoints is completely<br>
different now, would have been nice to have some advanced notice.<br>
<br>
In fact, the conventions used to convert to JSON are completely<br>
different than used elsewhere and are in some cases invalid, e.g.<br>
<br>
{<br>
  "SYMBOL":"BRAF",<br>
  "SYMBOL_SOURCE":"HGNC"<br>
  "STRAND":-1<br>
...<br>
<br>
Why ALLUPPERCASE for the field name?<br>
<br>
  "Uploaded_variation":"COSM476",<br>
...<br>
<br>
Why Sentence_case for the field name?<br>
<br>
  "Existing_variation":"rs113488022,COSM18443,COSM476,COSM6137",<br>
  "CLIN_SIG":"other,pathogenic,untested"<br>
  "Consequence":"missense_variant,NMD_transcript_variant"<br>
...<br>
<br>
Why is an array of string values shoved into a single value?<br>
Shouldn't these be array values?<br>
<br>
  "Location":"7:140453136"<br>
<br>
Location used to be a nested object:<br>
<br>
         "location" : {<br>
            "strand" : 1,<br>
            "name" : "7",<br>
            "coord_system" : "chromosome",<br>
            "start" : 140453136,<br>
            "end" : 140453136<br>
         },<br>
<br>
<br>
This looks to me like a step backwards for this particular endpoint.<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
   michael<br>
</font></span><div class="im HOEnZb"><br>
<br>
On Thu, Jun 26, 2014 at 5:34 AM, mag <<a href="mailto:mr6@ebi.ac.uk">mr6@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br>
</div><div class="HOEnZb"><div class="h5">> Dear all,<br>
><br>
> We are pleased to announce the release of our new REST server,<br>
> <a href="http://rest.ensembl.org" target="_blank">http://rest.ensembl.org</a><br>
><br>
> This new server comes with a higher rate limit, POST support and a huge<br>
> documentation rewrite.<br>
><br>
> POST support is provided for the VEP and archive endpoints.<br>
> We have also added a new variation endpoint to retrieve information about a<br>
> variation id, including phenotypes, genotypes and population studies.<br>
> Full details of the new release can be found here:<br>
> <a href="https://github.com/Ensembl/ensembl-rest/wiki/Change-log" target="_blank">https://github.com/Ensembl/ensembl-rest/wiki/Change-log</a><br>
><br>
> The rate limit has been increased, allowing up to 15 requests per second.<br>
><br>
> The current beta server, <a href="http://beta.rest.ensembl.org" target="_blank">beta.rest.ensembl.org</a>, will remain active until<br>
> release 76, scheduled for end of July.<br>
><br>
> We encourage you to follow the guidelines on our wiki<br>
> (<a href="https://github.com/Ensembl/ensembl-rest/wiki/1.0-To-2.0-Migration" target="_blank">https://github.com/Ensembl/ensembl-rest/wiki/1.0-To-2.0-Migration</a>) to<br>
> update your scripts to use the new version before beta is retired.<br>
><br>
> If you are new to REST, please use our wiki<br>
> (<a href="https://github.com/Ensembl/ensembl-rest/wiki" target="_blank">https://github.com/Ensembl/ensembl-rest/wiki</a>) to get started.<br>
><br>
><br>
> Regards,<br>
> Magali<br>
><br>
</div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5">> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info:<br>
> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>