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<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

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<body ocsi="0" fpstyle="1">

<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hi Anja,<br>

<br>

It looks like I had assumed that simply calling VariationSet would produce a name, similar to

<br>

my @vstates = @{$tva->variation_feature->get_all_validation_states()};<br>

print<br>

        "\t",join(",", @vstates); #evidence<br>

Though I see now that an evidence value is qualitatively different from a variation set.<br>

I don't intend on calling all the variations per set; my application is only looking at potentially hundreds (per transcript or per gene), but I'll consider using iterators to save a little memory.<br>

<br>

I added your suggestion as<br>

    foreach my $tva(@{$tvas}) {<br>

        my @vsets = @{$vs_adaptor->fetch_all_by_Variation($tva->variation_feature->variation)};<br>

        print $tva->variation_feature->display_id, "\t";<br>

        foreach my $vs(@vsets) {<br>

            my $set_name = $vs->name();<br>

            print $set_name,",";<br>

        }<br>

        print "\n";<br>

    }<br>

and it does indeed work!<br>

<br>

Thanks,<br>

Henry Gong<br>

Junior Specialist<br>

UCSF Dept of Neuro Surgery<br>

</div>

</body>

</html>