<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body>
He Guillermo,
<div>What's the similar syntax for the ensembl core api?</div>
<div>Thanks</div>
<div>Ed</div>
<br>
<br>
<div>-------- Original message --------</div>
<div>From: Guillermo Marco Puche <guillermo.marco@sistemasgenomicos.com></div>
<div>Date:07/25/2014 9:53 AM (GMT-05:00) </div>
<div>To: Ensembl developers list <dev@ensembl.org></div>
<div>Subject: Re: [ensembl-dev] exon rank in transcript </div>
<div><br>
</div>
<div style="background-color:#FFFFFF">Hello David,<br>
<br>
If you've the Ensembl Exon ID you can query it's rank, supposing you're using BioMart:<br>
This is a logical approach Gene ID -> Transcript ID -> Exon ID -> Exon Rank<br>
<br>
<a class="x_moz-txt-link-freetext" href="http://www.ensembl.org/biomart/martview/787d31359f27ce07ff49c75236f027b0">http://www.ensembl.org/biomart/martview/787d31359f27ce07ff49c75236f027b0</a><br>
<br>
<br>
If you've exon ID list you can go straight to get it's rank.<br>
<pre style="color:rgb(0,0,0); font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:auto; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; widows:auto; word-spacing:0px">$query->addAttribute("rank");</pre>
<br>
Best regards,<br>
Guillermo.<br>
<br>
<div class="x_moz-cite-prefix">On 07/25/2014 03:36 PM, David Salgado wrote:<br>
</div>
<blockquote type="cite">Dear developers, <br>
<br>
Is there a way, from an exon stable identifier, to get its rank within a particular transcript using the Ensembl Core API , without comparing start and end positions?
<br>
Many thanks in advance for any tips, <br>
<br>
David <br>
<br>
<br>
_______________________________________________ <br>
Dev mailing list    <a class="x_moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Dev@ensembl.org">
Dev@ensembl.org</a> <br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a class="x_moz-txt-link-freetext" href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev">
http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a> <br>
Ensembl Blog: <a class="x_moz-txt-link-freetext" href="http://www.ensembl.info/">
http://www.ensembl.info/</a> <br>
</blockquote>
<br>
<div class="x_moz-signature"><br>
</div>
</div>
</body>
</html>