<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Hello,</div><div><br></div><div>Recently, I ran VEP on a new VCF file based on release 22.  We supplemented the main reference from Ensembl with some other contigs.  Running VEP on this new VCF with the supplemental contigs, I get CSQ predictions for some contigs, but not others.  </div>
<div><br></div><div><font face="courier new, monospace">UCW_Kronos_U_deg7180000303158   201     Kronos387       C       T       40      Pass    seed_avail=Kronos387;CSQ=T||||intergenic_variant||||||||</font></div><div><font face="courier new, monospace">UCW_Kronos_U_deg7180000303161   92      Kronos571       G       A       40      Pass    seed_avail=Kronos571;CSQ=A||||intergenic_variant||||||||</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">UCW_Kronos_U_deg7180000303185   180     Kronos433       G       A       40      Pass    seed_avail=Kronos433;CSQ=A||||intergenic_variant||||||||</font></div><div><font face="courier new, monospace">UCW_Kronos_U_deg7180000303219   113     Kronos572       C       T       40      Pass    seed_avail=Kronos572;CSQ=T||||intergenic_variant||||||||</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">UCW_Kronos_U_deg7180000303219   118     Kronos533       T       T       40      Pass    seed_avail=Kronos533</font></div><div><font face="courier new, monospace">UCW_Kronos_U_deg7180000303219   134     Kronos433       A       A       40      Pass    seed_avail=Kronos433</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">UCW_Kronos_U_deg7180000303219   151     Kronos382       T       T       40      Pass    seed_avail=Kronos382 </font></div><div><br></div><div><br></div><div>I would have expected all of these entries to contain lines like the last 3 with no CSQ information, instead of the first ones with 'intergenic_variant' incorrectly labeled.  </div>
<div><br></div><div>Any ideas why some of these contigs not present in the reference are getting labeled with CSQ but others are not?</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>-Hans</div></div>
</div>