<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif; ">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); ">
<div>
<div>If I select any other assembly version (below as variable "$version") other than the highest ranked, I seem to only get "N" as sequences returned. I have tried this for both mouse and human. This is using the perl API version 75, below is an example querying
a sequence at some specific coordinate. If I retrieve the soft-masked region, it returns lower cases where expected, but is still all "n". If I change the assembly to highest rank (e.g. GRCm38) it retrieves "proper" sequence, but obviously at the wrong coordinates
as I am using NCBIM37 fragments.</div>
</div>
</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); "><br>
</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); ">Is this a possible bug/any ideas?</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); "><br>
</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); ">Ash</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); "><br>
</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); ">#code start</div>
<div>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">
<span style="color: #be299d">use</span> Bio::EnsEMBL::Registry;</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; min-height: 13px; ">
<span class="Apple-style-span" style="color: rgb(212, 39, 34); "><span style="color: #be299d"><br>
</span></span></p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; min-height: 13px; ">
<span class="Apple-style-span" style="color: rgb(212, 39, 34); "><span style="color: #be299d">my</span><span style="color: #000000"> $registry =
</span>"Bio::EnsEMBL::Registry"<span style="color: #000000">;</span></span></p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">
<span style="color: #be299d">my</span> $species = <span style="color: #d42722">"mouse"</span>;</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">
<span style="color: #be299d">my</span> $version = <span style="color: #d42722">"NCBIM37"</span>;</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; min-height: 13px; ">
<br>
</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">
$registry->load_registry_from_db( </p>
<p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; color: rgb(212, 39, 34); ">
<span style="color: #000000"> -host => </span>'ensembldb.ensembl.org'<span style="color: #000000">, </span></p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">
-user => <span style="color: #d42722">'anonymous'</span> </p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">
);</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; min-height: 13px; ">
<br>
</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">
<span style="color: #be299d">my</span> $adaptor = $registry->get_adaptor($species,<span style="color: #d42722">'Core'</span>,<span style="color: #d42722">'Slice'</span>);</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; min-height: 13px; ">
<span class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 132, 35); ">#slice of interest:</span></p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">
<span style="color: #be299d">my</span> $slice = $adaptor->fetch_by_region(<span style="color: #d42722">'chromosome'</span>,
<span style="color: #2f2fd1">7</span> , <span style="color: #2f2fd1">123336212</span> ,
<span style="color: #2f2fd1">123338053</span> , <span style="color: #2f2fd1">1</span>, $version);</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; min-height: 13px; ">
<span class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 132, 35); ">#different elements of the slice:</span></p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">
<span style="color: #be299d">my</span> $sequence = $slice->seq();</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; min-height: 13px; ">
<span style="color: #be299d">my</span> $softmasked = $slice->get_repeatmasked_seq(
<span style="color: #be299d">undef</span>, <span style="color: #2f2fd1">1</span> );</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">
<span style="color: #be299d">my</span> $softmasked_seq = $softmasked->seq();</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; min-height: 13px; ">
<br>
</p>
<p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; color: rgb(0, 132, 35); ">
#print sliced sequences:</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">
<span style="color: #be299d">print</span> $sequence.<span style="color: #d42722">"\n"</span>.<span style="color: #d42722">"\n"</span>.<span style="color: #d42722">"\n"</span>;</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">
<span style="color: #be299d">print</span> $softmasked_seq.<span style="color: #d42722">"\n"</span>;</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">
<span class="Apple-style-span" style="font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif; "></p>
<div>#code end</div>
<div><br>
</div>
<div></div>
</span>
<p></p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">
#this prints the following out:</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">
<br>
</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">
</p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 11.0px Menlo">NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN</p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 11.0px Menlo"><br>
</p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 11.0px Menlo"><br>
</p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 11.0px Menlo">NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN</p>
<p></p>
</div>
<br clear="both">
______________________________________________________________________<BR>
The Victor Chang Cardiac Research Institute's Email is scanned by the MessageLabs Email Security System.<BR>
</body>
</html>