<div dir="ltr">Hi Will,<div><br></div><div>Thank you, that all makes sense to me.  We are doing an analysis on wheat, but the cultivar is different then the assembly in Ensembl, which is why we are seeing these result in the VCF.</div>
<div><br></div><div>For our project, we supplemented the Ensembl reference with a DeNovo assembly of unmapped reads.  We didn't use any of the Ensembl core database tools for this process.  However, I'd be interested to learn more about creating our own VEP cache file from a custom annotation GTF and FASTA file.  Maybe we should talk off list?  Thank you.</div>
<div><br></div><div>Cheers,</div><div>-Hans</div><div class="gmail_extra"><br><div dir="ltr"><div><br></div></div>
</div></div>