<div dir="ltr"><div><div>Hi,</div><div><br></div><div>I get problems on multiple sequence alignment for more than 2 species using the sample code at: <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/api/compara/compara_tutorial.html">http://www.ensembl.org/info/docs/api/compara/compara_tutorial.html</a> (the code below "Here is an example script with all of this:").</div><div><br></div><div>The sample runs well on default, but fails on adding additional species. That is to say, the below code works when changing "human:mouse" to "human:dog" but returns no data when changing to "human:mouse:dog" .</div><div><br></div><div><br></div><div>my $species = "human";</div><div>my $coord_system = "chromosome";</div><div>my $seq_region = "14";</div><div>my $seq_region_start = 75000000;</div><div>my $seq_region_end = 75010000;</div><div>my $alignment_type = "LASTZ_NET";</div><div>my $set_of_species = "human:mouse";</div><div>my $output_file = undef;</div><div>my $output_format = "clustalw";</div><div>my $help;</div><div><br></div><div>GetOptions(</div><div>    "help" => \$help,</div><div>    "species=s" => \$species,</div><div>    "coord_system=s" => \$coord_system,</div><div>    "seq_region=s" => \$seq_region,</div><div>    "seq_region_start=i" => \$seq_region_start,</div><div>    "seq_region_end=i" => \$seq_region_end,</div><div>    "alignment_type=s" => \$alignment_type,</div><div>    "set_of_species=s" => \$set_of_species,</div><div>    "output_format=s" => \$output_format,</div><div>    "output_file=s" => \$output_file);</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Hunter</div></div><div><br></div></div>