<div dir="ltr"><div><div><div><div>Dear developers team,<br><br></div>I am working towards using a custom annotation of wheat genes in variant effect prediction with VEP.<br><br></div>While building cache with <span style="font-family:courier new,monospace"><a href="http://gtf2vep.pl">gtf2vep.pl</a></span>, I see that my exon and transcript features are cached, but CDS features are most likely not read correctly (gene biotype gets re-set to 'pseudogene' by <span style="font-family:courier new,monospace">fix_transcript</span> and there is no translation). VEP is able to use this cache but the prediction is not correct as there is no translation or CDS.<br><br></div>I tried to de-bug by running <span style="font-family:courier new,monospace"><a href="http://gtf2vep.pl">gtf2vep.pl</a> </span>with an example single exon gene from Ensembl annotation for Triticum aestivum. I tried both v22 and v23 annotations and both give me the same result as before - biotype gets re-set to 'pseudogene' in cache and there is no CDS/translation. Attached are two test input gtfs that I am using from <br></div><div><span style="font-family:courier new,monospace">Triticum_aestivum.IWGSP1.22.gff3</span> and <span style="font-family:courier new,monospace">Triticum_aestivum.IWGSP1.23.gff3</span> respectively.<br><br></div><div>The command line is below:<br><br><span style="font-family:courier new,monospace">perl <a href="http://gtf2vep.pl">gtf2vep.pl</a> -i test.v23.gff -f IWGSC_CSS_AB-TGAC_v1.fa -d 23 -s wheat_custom<br><br></span></div><div><span style="font-family:courier new,monospace"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">I appreciate your suggestions of what might be going on. <br><br>Thank you in advance,<br><br></span></span></div><span style="font-family:courier new,monospace"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"></span></span><div><span style="font-family:courier new,monospace"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Ksenia<br><br><br></span></span></div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div dir="ltr">Ksenia Krasileva, PhD<br>USDA NIFA Post Doctoral Scholar<br>Department of Plant Sciences<br>University of California, Davis<br>124 Robbins Hall<br>Davis, CA 95616<br><br><div>Email: <a href="mailto:krasileva@ucdavis.edu" target="_blank">krasileva@ucdavis.edu</a><br><div>Twitter: <a href="https://twitter.com/kseniakrasileva" target="_blank">@kseniakrasileva</a><br></div><div>Web: <a href="http://dubcovskylab.ucdavis.edu/lab-member/ksenia-v-krasileva" target="_blank">http://dubcovskylab.ucdavis.edu/lab-member/ksenia-v-krasileva</a><br></div></div></div></div>
</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>