<div dir="ltr">Thank you very much Stephen.<div><br><div class="gmail_extra">Haiming<br><div class="gmail_quote">On Fri, Sep 26, 2014 at 2:47 AM, Stephen Fitzgerald <span dir="ltr"><<a href="mailto:stephenf@ebi.ac.uk" target="_blank">stephenf@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Haiming,<br>
the compara API is used to retrieve information from the compara database. However the "Age of Base" track is generated from a Bigbed binary file, so it is not part of the compara database. The Bigbed file is generated from a Bed file. I have transferred this Bed file (from release 76) to our ftp site. You can retrieve this file using anonymous ftp from here:<br>
<br>
ftp <a href="http://ftp.ebi.ac.uk" target="_blank">ftp.ebi.ac.uk</a><br>
<br>
cd pub/software/ensembl/stephen/<u></u>BaseAge/<br>
<br>
get base_age_76.bed.gz<br>
<br>
Hope this helps,<br>
Stephen.<br>
<br>
<br>
On Thu, 25 Sep 2014, Tang, Haiming wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
DEAR GROUP, MY NAME IS HAIMING TANG. I'M IN DR PAUL THOMAS'S GROUP IN UNIVERSITY OF SOUTHERN CALIFORNIA.<br>
<br>
I'm trying to retrieve "Age of Base" using Perl API.<br>
<br>
As described in "<a href="http://www.ensembl.org/info/genome/compara/analyses.html#age_of_base" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/<u></u>genome/compara/analyses.html#<u></u>age_of_base</a>"<br>
<br>
"Age of Base<br>
<br>
>From these ancestral sequences, we infer the age of a base, i.e. the timing of the most recent mutation for each<br>
base of the genome. Each position of the human genome is compared to its immediate inferred ancestor, then its<br>
ancestor, etc. until a difference is found. The inferred substitution event therefore occurred on a specific<br>
branch of the tree, which is identified by all the extant species which eventually descended from that branch, as<br>
illustrated below."<br>
<br>
"Age of base" has close relation with EPO ancestral alignment. But I could find any related method in Compara Perl<br>
API Documentation or Compara API Tutorial.<br>
<br>
Can anyone show me how to do to retrieve "age of base"?<br>
<br>
Thank you in advance.<br>
<br>
Haiming<br>
<br>
<br>
<br>
</blockquote>
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<u></u>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div></div></div>