<div dir="ltr">HI, Stephen<div><br></div><div>I followed your instructions and got the bed file.</div><div><br></div><div>Column 4 appears to list the species for which that base is the same as in human, since it looks like Hsap is in every line.  The number in square brackets [] is just the number of species listed.</div><div><br></div><div>But the file doesn’t seem to give the age of the base. <br></div><div><br></div><div>For example: How to interpret Ggor-Hsap-Hsap-Pabe[4] in </div>







<div>







<p class="">"chrY<span class="">   </span>57107125<span class="">    </span>57107126<span class="">    </span>Ggor-Hsap-Hsap-Pabe[4]<span class="">      </span>120<span class=""> </span>30,30,255"?</p><p class="">Are Ggor and Hsap ancestral species? </p><p class="">Or Age of base is stored at somewhere else?</p><p class="">Thanks</p><p class="">Haiming</p></div><div>On Fri, Sep 26, 2014 at 2:47 AM, Stephen Fitzgerald <span dir="ltr"><<a href="mailto:stephenf@ebi.ac.uk" target="_blank">stephenf@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br></div><div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">Hi Haiming,<br>
the compara API is used to retrieve information from the compara database. However the "Age of Base" track is generated from a Bigbed binary file, so it is not part of the compara database. The Bigbed file is generated from a Bed file. I have transferred this Bed file (from release 76) to our ftp site. You can retrieve this file using anonymous ftp from here:<br>
<br>
ftp <a href="http://ftp.ebi.ac.uk" target="_blank">ftp.ebi.ac.uk</a><br>
<br>
cd pub/software/ensembl/stephen/<u></u>BaseAge/<br>
<br>
get base_age_76.bed.gz<br>
<br>
Hope this helps,<br>
Stephen.<br>
<br>
<br>
On Thu, 25 Sep 2014, Tang, Haiming wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
<br>
DEAR GROUP, MY NAME IS HAIMING TANG. I'M IN DR PAUL THOMAS'S GROUP IN UNIVERSITY OF SOUTHERN CALIFORNIA.<br>
<br>
I'm trying to retrieve "Age of Base" using Perl API.<br>
<br>
As described in "<a href="http://www.ensembl.org/info/genome/compara/analyses.html#age_of_base" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/<u></u>genome/compara/analyses.html#<u></u>age_of_base</a>"<br>
<br>
"Age of Base<br>
<br>
>From these ancestral sequences, we infer the age of a base, i.e. the timing of the most recent mutation for each<br>
base of the genome. Each position of the human genome is compared to its immediate inferred ancestor, then its<br>
ancestor, etc. until a difference is found. The inferred substitution event therefore occurred on a specific<br>
branch of the tree, which is identified by all the extant species which eventually descended from that branch, as<br>
illustrated below."<br>
<br>
"Age of base" has close relation with EPO ancestral alignment. But I could find any related method in Compara Perl<br>
API Documentation or Compara API Tutorial.<br>
<br>
Can anyone show me how to do to retrieve "age of base"?<br>
<br>
Thank you in advance.<br>
<br>
Haiming<br>
<br>
<br>
<br>
</blockquote>
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<u></u>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div></div></div>