<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>The LDFeatureContainer and adaptor should help you here, see <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/api/variation/variation_tutorial.html#ld">http://www.ensembl.org/info/docs/api/variation/variation_tutorial.html#ld</a></div><div><br></div><div>The tutorial has a guide for fetching via a slice (a genomic region), but you can also fetch LD blocks around a VariationFeature object, see the full API docs:</div><div><br></div><div><a href="http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/variation-api/classBio_1_1EnsEMBL_1_1Variation_1_1DBSQL_1_1LDFeatureContainerAdaptor.html">http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/variation-api/classBio_1_1EnsEMBL_1_1Variation_1_1DBSQL_1_1LDFeatureContainerAdaptor.html</a><br></div><div><br></div><div>Mike, I'm afraid there isn't a method to retrieve LD between an arbitrary pair of variants. The two main methods mentioned above are locus based, ie they will only retrieve LD values between pairs of variants within a set distance of each other.</div><div><br></div><div>There's absolutely no technical reason why you couldn't have a method to do the calculation between any two arbitrary variants though; we will look into adding it to the API.</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 2 October 2014 14:37, Mike Pierce <span dir="ltr"><<a href="mailto:mikepierce2000@gmail.com" target="_blank">mikepierce2000@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">A related question, is there a function that calculates/returns LD for a pair of variants in a specific population?<div><br></div><div>Because you can use that to calculate a relationship matrix and do your own clustering.<div><br></div><div>Mike</div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On 2 October 2014 14:22, Genomeo Dev <span dir="ltr"><<a href="mailto:genomeodev@gmail.com" target="_blank">genomeodev@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>I have a list of SNPs which I want to cluster into Linkage disequilibrium blocks assuming European ancestry. I was wondering whether there is a quick way to do that using Ensembl variation API?</div><div><br></div><div>Thanks!</div><span><font color="#888888"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">G.</div>
</font></span></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>