<div dir="ltr">Dear developers<div><br></div><div>I have the latest API downloaded and I would want to create a scritp that could retrieve sequence information from a specified assembly</div><div><br></div><div>so I have made a script that tries to accomplish this:</div><div><br></div><div>so ...assuming this coordinates:</div><div><br></div><div>chr: 5</div><div>from: 112043202</div><div>to: 112046226</div><div>strand = 1</div><div>assembly = GRCh38</div><div><br></div><div><div>    my $slice = $slice_adaptor->fetch_by_region( 'chromosome', $chrom, $from, $to, $strand, $assembly );</div></div><div><br></div><div><br></div><div><div>        $seq        = $slice->seq();</div><div><br></div><div>I can retrieve the dna sequence:</div><div><br></div><div><div>>CHR5-112043202-112046226       chr5:112043202-112046226</div><div>AGTATATAATCACAT..............CTAAAAGCAAACA</div></div><div><br></div><div><br></div><div>However, if I give it the variables:</div><div><br></div><div><div><div>chr: 5</div><div>from: 112043202</div><div>to: 112046226</div><div>strand = 1</div><div>assembly = GRCh37 or NCBI36<br></div></div></div><div><br></div><div>i get :</div><div><br></div><div><div>>CHR5-112043202-112046226       chr5:112043202-112046226</div><div>NNNNNNNNN.........NNNNNNNNNNNNNNNN</div></div><div><br></div><div><br></div><div>How can I get the correct underlying sequence?</div><div><br></div><div>Best regards</div><div><br></div><div>Duarte</div>
</div></div>